Der Brodowin- und der Wesensee liegen zwar direkt nebeneinander, sind aber höchst unterschiedlich: Der Brodowinsee im Westen ist tief und klar. Der Wesensee im Osten dagegen ist
flach. Obwohl sich beide Seen fast berühren, liegen die Wasserspiegel auf unterschiedlichem
Niveau – der Unterschied beträgt bis zu über zwei Meter! Ursache dafür ist, dass sich ziemlich genau unter dem Weg, der zwischen den Seen verläuft, ein Riegel aus tonreichem Geschiebemergel
befindet. Er ist wasserundurchlässig und trennt so die Becken der beiden Seen wirkungsvoll voneinander ab.
Typisch für den Brodowinsee sind die Grundrasen aus Armleuchteralgen sowie die ausgedehnten Schwimmblatt-Teppiche aus See- und Teichrosen. Libellen schwirren durch die Luft, Haubentaucher und
Trauerseeschwalben brüten hier.
Der Wesensee dagegen hat keine Schwimmblattzonen, weil sein Wasserstand zu stark schwankt. Dafür können sich hier große Schlammbänke bilden, und immer wieder tauchen Sand- und Steininseln sowie
uralte Eichenstümpfe aus dem See auf, wenn der Wasserstand sinkt (siehe Rummelsberg-Tour, Station „Kleiner Rummelsberg“). In manchen Jahren brüten hier große Kolonien von Flussseeschwalben, Lach-
und Sturmmöwen.
Auf Grund seiner geringen Tiefe erwärmt sich der Wesensee schnell und bietet vielen Fischen beste Lebensbedingungen. Neben Hecht und Schleie leben hier vor allem auch Barsch, Plötze, Karausche, Karpfen und Aal. Das Krebsvorkommen lässt zusammen mit der guten Wasserqualität viele Fische zu beachtlichen Größen – und hoher Speisefischgüte – heranwachsen.
Noch in den 1950er Jahren waren die Seeufer weitgehend gehölzfrei. Weil die Flächen nicht mehr landwirtschaftlich genutzt wurden und kein Brennholz mehr gesammelt wurde, verschwanden in den Folgejahren die Seen zunehmend hinter Ufergehölzen. Der Ökodorf-Verein hat diese an einigen Stellen wieder entfernt, um den Röhrichtgürtel zu fördern und neue Sichtachsen zu schaffen. Seither werden die Flächen besser besonnt und der Laubeintrag in die Seen reduziert. Dadurch hat sich der Schilfgürtel am Brodowinsee deutlich erholt – sehr zur Freude von Libellen, Rohrsängern, Zwerg- und Rohrdommeln.